Действие романа происходит в наши дни в Санкт-Петербурге и в Иудее с 12 года до н. э. по 36 год н. э. Землю посещает ипостась Бога Элогим со свитой, который исследует данный этап жизни на планете, души современных людей, как изменился город. В это же время наш современник, Мэтр кино и телевидения, пишет сценарий об Ироде и Иисусе Христе, правдивую историю о которых знает Элогим. После предъявления сценария продюсерам Мэтр испытывает гонения. Его поддерживает любовь – московская актриса по имени Мария. По содержанию роман является неким «перевертышем» произведения М. А. Булгакова «Мастер и Маргарита».
Это роман о нашей эпохе, в нем описывается Санкт-Петербург, его жители, которых проверяют на алчность и милосердие. Прочитавшие роман «Мэтр и Мария» должны понять, что каждый имеет право на свободу совести и мысли.